# Query: find genes in chromosome 2 that have NCU ( and as such sequence information)
raw_gw_gene_ncu_data[raw_gw_gene_ncu_data[,1] %in% ch_gene_names_data[[2]],]


# Query: create managed maps. The following code should be run on the managed data

# managed physical maps.

maps_file <- "maps.txt"

cat( "\nmanaged physical maps\n", file = maps_file)

# the following were obtained after running original physical maps code
original_physical_map <- list()

original_physical_map[1] <- list( c("H027H04","H002B10","H021H12","H017H02","XXXXXXQ","XXXXXXG","XXXXXXJ","H003G10","H001A12","H012G07","H041F09","H015F03","H010F03","H003E09","H007E10","H011D12","H028E07","H019G12","H083E09","H093B09","H001G01","H023A12","XXXXXXF","H002H01","H009G09","H027H10","H014G03","H001G08","H037F12","XXXXXXK","H007C11","H007A06","H044B07","H018B05","XXXXXXH","XXXXXXI","XXXXXXC","XXXXXXD","H002C06","H001B04","H010F12","H015D11","H097B11","H030H04","XXXXXX8","H016A03","H010G10","H015A07","H020A01","H010C10","H074B11","H032B10","H041E10","H015G01","XXXXXXS","H001F12","H044D09","H007G05","H018G06","H005B06","H001G12","H029F03","H019B04","H032H04","H002F12","H012H03","H019A03","H041G07","H002H09","H012E08","H001F08","H018E12","H023B01","H021H03","H011B02","H008G07","XXXXXX0","H003C09","H004F01","H028H05","H003H06","H064C12","H002D10","H033G06","H034F04","H007C04","H020F08","H007D06","H006H11","H026G03","H012E12","H011F02","H022F05","H058C01","H006E05","H010B02","H023D01","H074A01","H002A03","H014F03","H006H03","H010H02","H011C06","H077H05","H001H11","H023F05","H011A01","H010D11","XXXXXXM","H004B02","H022H07","H014A04","H027E11","H008E04","H009B12","H016A12","H022G11","H007G02","H012G06","H017B04","H026D12","H020B03","XXXXXX1","H020G03","H033G02","H029B10","H019A04","H001D12","H024G06","XXXXXXO","H008H01","H013A09","H026H11","H004F02","H033H12","H008G01","H035B12","H014A06","H083D02","H020B07","H084G02","H017H10","H010E01","H019B10","H045A07","H033A06","H019H05","H013C12","H021G12","H011H10","H050A02","H026D02","XXXXXXP","XXXXXXN","XXXXXXE","H014B12","XXXXXX7","H013A11","H032F03","H001F03","H093C03","H011F04","H025B02","XXXXXXL","H020C03","H009H12","H008C10","H081C06","H002H12","H083F04","H005F12","H097G07","H044A01","H005E11","H022G01","XXXXXX9","H026A08","H022H01","H023A02","H012C07","XXXXXX6","H090C02","XXXXXXB","XXXXXX4","XXXXXX3","XXXXXXA","H010B04","H015B11","H033C12","H001B09","XXXXXXT","H023E12","H004H11","H012B03","H012B11","H011G01","H037H10","H004C03","H003E02","H018C06","H015G07","H022H04","H007H08","H029A10","H025E12","H027F12","H008A10","H019B01","XXXXXX5","H011A09","XXXXXXR","XXXXXX2","H035F10","H023A07","H014B11","H028C01","H002A06","H012G12","H014E01","H001G07","H037G07","H064H04","H033C08","H008A04","H014H12","H027A08","H002C10","H001D02","H093A02","H020B10","H015D05","H023G06","H020B09","H004E05","H067B10","H011E11","H022F11"))
original_physical_map[2] <- list( c("H089F03","H012G10","H017D11","H048D04","H021G11","H010A11","H002E01","H052A01","H019G11","H070A08","H003C01","H096G01","H026H03","H011H05","H080B09","XXXXXXK","XXXXXX2","XXXXXXR","H014H08","H001G11","H003F07","H001A02","H048A07","H077B08","H085G10","H012D06","H027E05","XXXXXXV","XXXXXXW","H011A05","XXXXXXS","XXXXXXT","XXXXXX7","XXXXXX9","H086H03","X115H12","H023F03","H023H07","H019G03","XXXXXXM","XXXXXXD","H021H07","H063G10","XXXXXXX","H042D03","H010A07","H006G10","H013D08","H038F09","H035G07","H105C09","H011B03","H058A10","H004H03","H045E01","H011F10","H018C02","XXXXXXY","X140D02","XXXXX00","H023C04","H048A01","H025H06","H004D11","XXXXXX0","XXXXXX4","H036G01","H068H10","H121C05","H001H01","H044D12","H014H02","H015D07","H080E06","XXXXXX6","XXXXXXH","H024B11","X130A02","H003B09","H089D08","H002E10","H121F07","X139D09","H023C07","H002F11","H064E04","H017F06","H038H07","H019H03","XXXXXX1","H029F09","H085D07","H015E08","H016D09","H008E11","H074E10","H045D03","H063C08","H018G04","H019D05","H056C05","XXXXXXU","H007F09","H012A02","H009E09","H001H05","XXXXXXL","H009E11","H007H02","H009D08","H112D12","H020H07","H010A10","H016D05","H055B08","XXXXXXO","H098F09","H023F06","H088E06","XXXXXXP","H015B01","H026B09","H094C10","X139D06","H037F07","H034G11","H101C04","H019H04","H018C12","XXXXXXN","XXXXXXQ","H005C08","H008H09","H090F05","H047D12","H023G09","H022C12","H019D08","H003E06","H007D10","H031E05","H062C08","H028H04","H008G02","H121F04","H030H03","H022A12","XXXXXXF","XXXXXX8","XXXXXXC","XXXXXXE","XXXXXXG","H026D08","H062B11","H028D04","H014F05","H063H12","H119G02","H084C10","H044A12","H021C05","H088A06","XXXXXXI","XXXXX01","H021E07","H022H11","H007D03","H050H01","H016E10","H085F11","H003F09","H020B06","H106E09","H001H08","H026C06","H001E12","H086A08","H009C01","XXXXXXA","XXXXXXZ","H012G09","H013E01","H087F01","H030C05","H005D08","H014D12","XXXXXX5","H014G04","H010A03","H023G07","H092E09","X137F03","H013H11","H017A12","H036A12","H024B05","XXXXXX3","H015C12","XXXXXXJ","XXXXXXB","H011H06","H068D03","H042D06","H110B01","H006F11","X139H05","H029C12","H015H01","H004C07","H024A05"))
original_physical_map[3] <- list( c("H086B06","H003F06","H036B07","H022A08","H006A09","H002A09","H008A06","H008E02","H013H06","H105C07","H023G01","H008A08","XXXXXXC","H005B09","H119G01","XXXXXXH","XXXXXXG","H020E06","H024A12","H001B08","H007C08","H024H10","H020D12","H013H04","H006E06","H011G10","H018D06","H003D12","H036G11","H016E06","H039E11","H006A08","H124H01","H004E06","H021D01","H041G01","XXXXXX9","H013B09","X123F05","H013D01","H085G08","H009C05","H055E11","H057H01","H015H03","H007A12","H003A03","H073D10","XXXXXX0","H009H05","XXXXXX5","XXXXXXM","H003A01","H002A04","H004A02","H038D02","H017G01","H012E03","H102C05","H019E11","H045H02","H034A06","H088C07","H018G05","XXXXXXB","H003G04","H017F12","H014B01","XXXXXX8","XXXXXXN","XXXXXX6","XXXXXX3","H080E01","H059G02","H016C11","H041A11","H008H12","H064E10","H044H06","XXXXXX2","H001D10","H014A02","H001H03","XXXXXXA","H015F11","H124C08","H065D08","H102H09","H014C05","H006E12","XXXXXXD","H041E01","H032B04","H104H09","H010C02","H009A11","H059E06","X131G08","H001E10","H098C12","X140F05","H003B03","H011E09","H026B01","H011D08","H036B05","H002H07","XXXXXX1","H085C02","H025A01","H001C10","XXXXXXJ","H045G02","XXXXXX7","H120B06","H002E12","H010H09","XXXXXXL","H005B07","H001D11","H061B08","H001C05","H001G10","H048F02","H001E08","H040A01","H006G03","H009B11","H112A08","H011F01","H014B05","H119F01","H098B01","H090A11","X116F02","H023C05","XXXXXXI","XXXXXXF","XXXXXXK","H023F12","H014F02","H023H05","X148F08","H022G05","H070A06","H007E05","H088G12","XXXXXX4","XXXXXXE","H023D10","X153D06","H016F11","H023C09","H055E08","H004A04","H051B02","H025H10","H025A12","H008E03","X144E06","H064A07","H044H12","H025B08","H012D01","H012G02","H111G07","H111H01","H008B09","H020E07","H035C02","H030G05","H010G06","H064D05","H015D12","H014G07","H036E08","H022B12","H023A08","H003H03","XXXXXXO","H076F08"))
original_physical_map[4] <- list( c("H011D10","H017D03","H089A04","H016H07","H025H05","H014A10","X119D05","X119F05","H086C02","H073D01","H007G08","H024H03","H020A06","H051G06","H007D11","H067D09","H004C11","H007A02","X141D06","H011A12","H011G11","H002F10","X110E10","H008D07","H005F07","H018A09","H004E02","H025B06","XXXXXX8","H021A10","H028G02","H036B01","H109E05","XXXXXX1","H012H06","H006G07","H107G01","H027H11","H001B06","H011B09","H035F11","H041E09","H001G02","H060F01","H052F09","H020H04","H052C10","H019C12","H118D08","H009C11","H087B09","H118D05","H022C10","XXXXXX5","H033F09","H015A01","H002G07","H018H05","H120E09","H009E04","H026B02","H017F09","XXXXXXD","X120G07","H017H08","H013H03","H024F07","H018E07","H077F05","H089E11","H019F06","H019F11","H006G05","X152H04","H042F08","H007A09","H125F11","H063B07","H026E08","H001H06","H010F07","H016C05","H056D09","H006F05","H010G05","H001F05","H004E01","H038G06","H024B06","H009A05","H002D12","H121E09","H013H05","H001C07","XXXXXXA","H005G12","H064C07","H024G08","H022H02","H040E10","H108E04","H002A10","H025A05","H014G05","H016H04","H013E08","H009A04","H097E04","H070G05","H001H07","H031H03","H048D02","X116C01","X119B01","H048G12","H002H06","H003A10","H008C04","H014G12","H030F10","H025B07","H029H12","H002B01","H014B08","H021H04","H036F01","H009B05","H056B12","H003F05","X116E01","H017F02","H067D06","H061F08","H003C03","H051H08","XXXXXXB","H119H06","H005G05","H045F09","H118B03","H109F07","XXXXXX9","H026E04","H002H11","XXXXXX0","XXXXXX6","XXXXXXF","H012A01","X139H09","X133A06","H104E08","H025G05","H003C10","H064A08","H019B06","H088G04","H018E10","H018F05","H021B04","H001A08","H013D07","H059G08","H002F05","H049E03","X131F05","H004D06","H024B03","X140G06","H105G01","H005E04","H004G04","H063F07","H014F12","H015C10","H013B01","H056G05","X119F10","H008H02","XXXXXX2","H009A08","H002D02","H026F09","H003F01","H016D02","H111E01","H010E07","X109F04","H006H09","H007F02","H024G10","XXXXXX4","XXXXXXE","H002F01","H079E02","X145F05","X154C03","XXXXXXC","H024A08","H051H05","H058C03","H011B04","H021E06","H006H06","H095A03","XXXXXX7","H021B02","H009F10","X148F07","XXXXXX3","H005F01","H004C01","H097F03","H007G10","H051D09","H001F06","H041D01","H033G09","H006B03","H002A08","H020C01","H090A01","H042G06","H027B06","H003G02","H028G09","H060G09"))
original_physical_map[5] <- list( c("H087D04","H102F01","H083H04","H008A12","H019D07","H113C04","X138E09","H002E04","H068B02","H031E09","H001A09","XXXXXXL","H100E11","H063C03","H012E10","H040D10","H055H08","XXXXXXB","H023H11","XXXXXXS","H080E08","H042F12","H038F11","H019E01","H105D07","H011A04","XXXXXXJ","H024C12","H005E06","H001D06","H111G05","H104D06","H052A09","H023E07","H092B08","H081H05","H015C02","H096D07","H016A02","H109G04","H009G02","H097D02","H115H11","H006G11","H064G09","H050A01","H016H11","H002C01","H005B04","XXXXXXC","H022E05","H030D06","H015D03","H019E02","H089B06","H063E11","H011A08","H112H09","H022F12","H042F07","H088G02","H007E04","H043C12","H080F11","H025C06","H012H09","H108F07","H017G07","H026C04","H074A08","H026H04","XXXXXX3","XXXXXX2","H032F12","H018B09","H044F04","H034A02","XXXXXXQ","H017D08","H031F12","H001H09","XXXXXXN","XXXXXXP","H095F03","H082H09","H014H07","H021D08","H010C07","H050G05","H043G10","H019G07","H018A07","H038F03","X153H07","H001A11","H066G04","H008B08","H027A06","H094F01","X122D03","H006B10","H048G08","H013G03","H083E06","H021A07","H037D02","XXXXXX1","H029G04","H011D06","H013A04","XXXXXXO","H038G02","H022A02","H091D08","H079D11","H027D01","H020D02","H032G08","H101D03","H008C11","H033F10","H109A08","H027F10","H034E05","H005A05","H006F10","H051D12","H001H02","H077F09","H005H03","H010F09","H089A08","H002E11","H005F08","H050E05","H007H10","H005B02","H065A01","XXXXXX4","H014C09","H015E11","H015A12","H009C03","H053B04","X153B09","H053B01","H013D11","H095A10","H006F03","H024D06","H098G02","H115E09","H011H12","H119B12","H015A06","H012E09","H102C03","H087B10","H089A12","H014E02","H012E01","XXXXXX6","X155G04","H030H05","XXXXXXE","H030E04","H025C01","H032D06","H001F04","H002C02","X121F02","H075C04","H003H04","H067F06","H007G11","H020A11","H093G01","H001F02","H087A12","H017G02","H020G11","H012E05","H027D11","H091A06","H101E06","H024D03","H007B02","H004G11","XXXXXXF","H017F01","H026A03","H018C10","H001H12","XXXXXX8","H005A03","XXXXXXI","H001B03","XXXXXX9","H024H11","H084H11","H046D03","XXXXXXM","XXXXXXU","H002A02","H097B08","H024D02","H015E10","XXXXXXG","H025E02","H031D07","H114E07","H091D06","H094F04","H043A05","H008D05","H040F07","XXXXXX5","H007G01","H029H07","H053E07","H004E09","H093E05","H022C11","H087H09","H059H02","H015F02","H119D10","XXXXXXT","H116C01","H122A05","H001C12","XXXXXXV","H021B05","H013G12","XXXXXXD","XXXXXXR","H009F02","H022B11","H047H04","H014A09","X107C05","H018E05","H010H05","H020F03","H034D01","H002C12","H073D08","H024D11","XXXXXXK","XXXXXXA","H015H05","H014E06","XXXXXX7","H002C03","H013G06","H092E03","H052H04","H048D07","H023A10","H044A11","H075D01","X153G05","H004G02","H001B11","XXXXXXW","H088F04","X153H04","X114C05","H097F12","H022F09","H100D10","H028C10","H014G02","H037G05","H047A12","H006B05","H009H09","H040H01","H013B12","XXXXXXH","H024E10","H071H04","H074F11","H017E01","H021H05"))
original_physical_map[6] <- list( c("H104C06","H003C11","XXXXXX0","XXXXXX2","H004A06","XXXXXXM","H063G04","H015H02","H051G11","H008F06","H034D04","H041A03","H009E05","H019G08","H007D12","H008H10","H119D08","H101G05","H019E06","H117D05","H010G11","H005H02","XXXXXXL","XXXXXXG","XXXXXXI","H021A12","H013E07","H032D02","H004D10","H055D10","H005D07","H007E02","XXXXXXA","XXXXXX5","H037C07","H004H08","XXXXXXD","XXXXXXC","H049G08","H075B08","H049A07","H036B11","H012D04","H009H04","H099G11","H044B10","H025F04","H006B04","H010A08","H069A03","H036H09","H001C01","H010H01","H080H05","H003A09","H013G05","H125D01","XXXXXX9","H012D12","H036D09","XXXXXXB","H021D06","H037D06","H044A08","H006F12","H004H05","H040A06","XXXXXX4","XXXXXXK","XXXXXXH","XXXXXX3","H016C03","H025D07","H002H03","H088E02","H010F08","H014C06","H003C02","H013F02","H115G07","H081G03","XXXXXXJ","H003A05","XXXXXXN","H031F08","H011A06","X116F07","H004H07","H019G09","H051E03","H109E03","XXXXXX1","H013F06","H108A01","H119G06","H052H05","H009F12","H084C12","H038B10","X132F12","XXXXXXF","H006H12","H022D01","H070E11","H070A12","H003B10","H057H10","H025D03","H004A07","H002E07","H003A07","H001C08","H005H11","H024H08","XXXXXX7","X111E01","X113G03","H086C08","H018A04","H003G01","H009F08","H016G02","X145C11","XXXXXX6","H017C09","H007B12","H036C04","H035D09","H007G09","H009C02","H072H06","H011H08","H011A07","H013B11","H064B07","H042D01","H018F02","H001B05","H109D06","H006G02","H112G06","H019G05","H007F01","H084A12","H005E02","H015G02","H015H11","H037C06","H014E09","H005C12","H003F10","H005D12","XXXXXX8","H011H03","H120D06","H001A10","H008B12","H077B09","H003H07","H004H10","H009D06","H016C12","H023D05","H086D06","H086B08","H125F08","H020C05","XXXXXXE","H049C02","H032H05","H016E11","H059H10","H026D09","H043B11","H002H04","XXXXXXO"))
original_physical_map[7] <- list( c("H020D06","H010C11","X116H09","H034B03","H001G05","H015B12","XXXXXXE","H061D10","H061D09","H050G11","H005A02","H002B05","H059A01","H012E02","H035A10","XXXXXX6","H035F03","H057B01","H038B09","H017F04","H108E10","H012D03","XXXXXXF","H016B04","XXXXXX4","H009H10","H122D01","H049A09","H033D09","H018H03","H049C08","XXXXXXC","XXXXXXG","XXXXXX9","H016C06","H002E02","H020E01","H003A12","H067C06","H020H12","H029C11","H007B07","XXXXXXK","XXXXXXI","H050H05","H005E01","H012F04","H104B08","H007B08","H107D09","XXXXXX1","H006E01","H006C12","H004D01","X111G12","H004B04","H014D10","XXXXXX3","XXXXXXA","XXXXXXB","XXXXXXD","H019C10","H008D08","H024A06","X140E09","H058C04","H020G09","H052A11","H117E12","XXXXXXJ","H017B01","H003G06","H050E06","H032F06","H004A11","H061C09","H072A05","H002G05","H064B02","H016G10","X133F09","H022E11","H009D11","H052C02","H039G08","H121E08","H010B11","H007A01","H001D09","H049C09","H043D03","H002B02","X108H04","H012B08","H084D01","H115B09","H005B12","H003A04","H005F06","H061A10","H007H11","H008E10","H003H12","XXXXXX5","H081B10","H125D11","X147D10","H005C07","H001E06","H059E08","H009G07","H006C08","H093E04","H070E01","H041G06","H093E01","H005E03","H016E12","H105B11","H117B05","H111H09","H102E07","H004C10","H067G07","H036C08","H025D10","H018E11","H008G12","H003A02","H011G09","XXXXXX8","H023C01","H003D02","X141H07","H111G02","H013A05","H024A09","H067A10","H011C09","H099H03","H029E03","H058B02","X137E05","H115G05","XXXXXX7","XXXXXX2","XXXXXX0","H082A01","H070F08","H121H05","H004F03","H024D12","H007E12","H105E04","H019B02","XXXXXXL","XXXXXXM","H047H11","H019H02","H020A05","XXXXXXH","H013H08","H002C04","H030B03","H016E07"))

for(linkage_group in 1:7 ){
  
  cat("physicalmap.ch",linkage_group," = ", sep = "", file = maps_file,append = TRUE)
  
  cat(original_physical_map[[linkage_group]][original_physical_map[[linkage_group]] %in% ch_probe_names_data[[linkage_group]]],sep=",",file = maps_file,append = TRUE)
  
  # line break
  cat("\n",file = maps_file,append = TRUE)
  
}


# create managed genetic maps. The following code should be run on the managed data

cat( "\nmanaged genetic maps\n", file = maps_file, append = TRUE)

# the following were obtained after running original genetic maps code
original_genetic_map <- list()

original_genetic_map[1] <- list( c("AP10.1","AP8d.4","AP38a.1","cyt-21","2:7H","AP35c.2","AP8w.6","AP11h.4","Fsr-12","vma-4","AP32c.3","clone-106","sod-1","AP4a.4","NP2G2","nuo20.8","X10:E5","ccg-4","A/a","22:10G","17:2B","AP10b.4","R58.2","00036","AP31a.1","AP8v.1","mei-3","Cen-I","hsp30","3:8BL","lys-4","Fsr-33","AP8w.3","AP8v.4","nuo12.3","AP5a.4","AP12i.1","12:8B","vac-5","cys-9","24:8B","AP16.1","Fsr-1","AP6.1","al-2","aap-2","R15.3","R44.6","AP8e.3","AP8.3","5:6F","vma-11","AP8.d3"))
original_genetic_map[2] <- list( c("Tel-IIL","hsps-1","00008","pSK2-1A","3:9A","Fsr-52","AP32b.1","Fsr-32","Cen-II","25:1D","G8:11H","atp-2","cya-4","AP5i.1","AP5.1","AP3.2","AP8u.4","H3H4","Ncr-2","Ncr-5","preg","12:11C","nuo78","21:D3","X18:9A","11:F3","ccg-7","vma-2","DB0001","Fsr-3","X24:A11","eas=ccg-2","bli-4","Fsr-34","Fsr-17","AP13.4-","AP32c.2","leu-6","Tel-IIR"))
original_genetic_map[3] <- list( c("LZC1","AP9b.2","AP12f.2","X14:1F","ace-2","con-1","cyt-8","R15.4","AP31a.4","ser-1","krev-1","Cen-III","thi-4","pSK7-81C","pro-1","LZE5","RRK","LZE4","G22:1H","con-7","ad-2","trp-1","DB002","AP32a.2","32:2G","Fsr-45","00032","cat-3","Ncr-6","AP8f.1","AP12f.4"))
original_genetic_map[4] <- list( c("Tel-IVL","AP32a.5","SPIAE","AP35c.1","4:3A","R64.3","aod-1","Cen-IV","Fsr-63","pyr-1","27:1F","pho-5","AP8d.1","tom20","AP4c.4","R230.1","NP4E6","trp-4","R64.1","G13:C8","20:11A","X25:D7","AP10.5","Fsr-62","R42.2","Fsr-51","G3:4D","bli-3","Fsr-13","vma-8","AP16.4","crp-3","AP3a.1","12:2E","AP8j.7","AP12f.6","cre-1","nuo29.9","nuo21"))
original_genetic_map[5] <- list( c("AP8w.4","rDNA","AP34c.3","AP31a.8","AP5c.3","AP13.3","con-2","AP4a.6","pSK21d","AP5c.4","Fsr-16","Fsr-9","Cen-V","AP36c.2","AP12g.1","ccg-1","X11:D2","AP8w.7","leu-5","Fsr-20","tom70","hsp83","cmd","hspe-1","cya-2","cit-2","inl","AP3b.3","AP31b.2","ccg-6","al-3","AP9b.1","18:10A","23:1A","vma-1","X23:C8","G16:11H","rca-1","cyh-2","tom40","nuo24","ilv-2","mfa","AP34b.3","8:9A","crp-4","clone-129","AP16.2","R47.2","AP35a.2","AP8w.1","AP5a.3","Tel-VR"))
original_genetic_map[6] <- list( c("Tel-VIL","cax","R249.1","tom22","gdh-1","X25:7C","AP3b.1","nuo19.3","AP8g.3","Ap8d.5","tf2d","12:7B","G9:12G","ccg-12","AP31a.7","Bml","G8:6D","X13:5H","X13:5AX5:9H","G7:5F","X7:8E","G12:10C","nuo30.4","Cen-VI","AP31b.1","R23.1","X24:8E","con-11a","AP9b.3","nuo21.3c","DA122"))
original_genetic_map[7] <- list( c("Tel-VIIL","AP8e.1","5:5A","00003","ccg-9","pho-4","nic-3","AP12i.2","AP11c.3","AP34a.1","AP39a.2","AP31a.2","X23:9G","R58.1","AP36a.1","AP36a.4","ars-1","Cen-VII","msh-2","frq","cfp","AP32a.1","R29.1","pep-4","cat-2","COXVIII","pRB22","Ncr-1","NP4A9","AP5i.2","Ncr-9"))

for(linkage_group in 1:7 ){
  
  cat("geneticmap.ch",linkage_group," = ", sep = "", file = maps_file,append = TRUE)
  
  cat(original_genetic_map[[linkage_group]][original_genetic_map[[linkage_group]] %in% ch_gene_names_data[[linkage_group]]],sep=",",file = maps_file,append = TRUE)
  
  # line break
  cat("\n",file = maps_file,append = TRUE)
  
}
